Sous l’influence de sa mère, Jeanne d’Albret, calviniste convaincue, Henri de Navarre devient très tôt le chef des Protestants. Malgré son mariage avec Marguerite de Valois, la « Reine Margot », qui le contraint à embrasser la foi catholique pour sauver sa vie, il reprend la tête des huguenots après le massacre de la Saint-Barthélemy.
Henri III décide de rejoindre Henri de Navarre pour reprendre la ville de Paris et, avant de mourir, désigne son cousin et beau-frère comme seul héritier. Henri IV ne parvient cependant pas à s’emparer de la capitale. Il lui faut abjurer une nouvelle fois et se faire sacrer à Chartres pour y parvenir. Il octroie aux réformés une grande liberté en signant l’Edit de Nantes, fait annuler son mariage et se remarie avec Marie de Médicis. Multipliant les conquêtes, le roi gagne le surnom de « Vert Galant ».
Empruntant la voie de l’absolutisme, il ne convoque plus les Etats généraux et diminue le pouvoir des parlements. Il s’entoure pour cela de ministres efficaces, notamment le duc de Sully, qu'il place à l’Agriculture et aux Finances.
Pacifiste, il se méfie de l’Espagne, qui a envahi Clèves et Juliers, et décide une intervention militaire. En prévision de son départ pour la guerre en 1610, il demande le couronnement officiel de la reine à Saint-Denis, mais il est assassiné le lendemain même par Ravaillac. Cet événement contribue à faire naître dans l’imaginaire collectif la légende du "bon roi Henri", pourtant grand-père du plus grand monarque absolu, Louis XIV. Son fils Louis XIII lui succède, sous la régence de sa mère, la reine Marie de Médicis.